Se realizó un estudio analítico con el objetivo de demostrar la efectividad de la Ozonoterapia por vía rectal en la amebiasis utilizando pacientes en edades pediátricas de 1 a 17 años que asistieron a la consulta de Gastroenterología Pediátrica del Hospital Provincial General Dr. Antonio Luaces Iraola, de Ciego de Ávila durante el período de septiembre del 2013 a abril del 2016. La muestra estuvo conformada por 120 pacientes con diagnóstico de amebiasis, que cumplieron con los criterios de inclusión, se dividieron de forma aleatoria en Grupo I (grupo control) que se aplicó tratamiento con Metronidazol y Grupo II (grupo experimental) que se aplicó tratamiento con Ozonoterapia por vía rectal. La mayor incidencia de la parasitosis se encontró en pacientes de 6 a 9 años de edad, de igual forma en ambos sexos. Los síntomas más frecuentes fueron dolor abdominal, deposiciones con flema y sangre, anorexia y tenesmo. Se evaluó la respuesta terapéutica a los 30 días de ser aplicados ambos tratamientos, con resolución de los síntomas al utilizar el Metronidazol y con la Ozonoterapia, con escasos efectos adversos en la ozonoterapia y pocos con el tratamiento convencional. Se demostró que la Ozonoterapia es efectiva en el tratamiento de la amebiasis por lo que constituye una alternativa de tratamiento para esta parasitosis.