Se realizó un estudio pre-experimental antes después, con la finalidad de evaluar el efecto inmunomodulador de la ozonoterapia en niños con inmunodeficiencia por defectos en la inmunidad mediada por fagocitos. El universo estuvo constituido por un total de 18 niños con deficiencias en la fagocitosis, asistidos en la consulta de InmunologÃa en el periodo desde septiembre de 2009 hasta junio de 2010, que cumplieron con los criterios de inclusión y exclusión. El ozono se aplicó en dosis escalonadas por insuflación rectal hasta una concentración de 40μg/mL, durante tres meses. Las variables fueron evaluadas 1 mes después del tratamiento. Se determinó si existen diferencias significativas entre las determinaciones antes y después de la ozonoterapia, mediante la prueba T de comparación de medias para muestras dependientes, con un nivel de significación α=0.05. Se presentó recurrencia de infecciones cutáneas, estomatitis aftosa y enfermedades alérgicas en los niños con el defecto inmune. Hubo aumentos significativos del conteo absoluto de neutrófilos en el 100% de los casos y en el 94 % mejoró significativamente la función fagocÃtica leucocitaria después de recibir la ozonoterapia. El estado clÃnico, cualitativamente evaluado, fue satisfactorio en los niños tratados con ozono y no se reportaron reacciones adversas durante el tratamiento. Se sugiere este proceder terapéutico como alternativa terapéutica inmunoestimulante en la deficiencia fagócitica.